医院共有47个科室。设有党政综合办,组织人事科、医务科、护理部、质控办、感控办、科教科,公共卫生科、信息科,医保办、药械科,社会事业办、医改办13个职能科室,麻醉科、重症医学科、急诊医学科、120急救中心、妇产科、康复科、口腔科、眼科、耳鼻咽喉科、骨科、儿科、普通外科、肿瘤科、中彝医科、脑血管疾病科、消化内科、心血管内科、呼吸与危重症医学科、肾内科、临床营养科、感染性疾病科21个临床科室,超声医学科、检验科、放射科、病理科4个医技科室,审计科、财务科、后勤科、病案科、药剂科、体检中心、门诊部、项目办、消毒供应中心9个辅助科室。