南华县中医医院设有科室36个，其中临床科室15个（针灸科、内二科、内一科、老年病科、内分泌风湿病科、内三科、妇儿科、外科、骨伤科、急诊科、麻醉科、中彝医康复科、治未病科、皮肤科、口腔科）；医技科室4个（功能科、检验科、放射科、药剂科）；职能科室17个（党办、行政办、医务科、质控办、病案管理科、护理部、公卫科、后勤科、感控科、医保办、人事科、科教科、宣传科、信息科、财务科、设备科、中彝医基层指导科）。
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