医院有科室52个。具体为:党政综合办、组织人事科、医务科、护理部、质控办、感控办、科教科、公共卫生科、医保办、药械科、社会事业办、医改办12个职能科室;麻醉科、重症医学科、急诊医学科(含120急救中心)、妇产科、口腔科、眼科、耳鼻咽喉科、临床营养科、骨科、儿科(含新生儿科)、普通外科、肿瘤科、中彝医科、脑血管疾病科(神经内科、神经外科)、康复医学科、消化内科、精神心理科、老年病科(含全科医学科)、心血管内科、呼吸与危重症医学科、感染性疾病科、肾内科、皮肤科23个临床科室,超声医学科、医学检验科、放射医学科、病理科、输血科、药剂科(静脉配液中心)、体检中心7个医技科室;审计科、财务科、后勤科、病案科、门诊部、项目办、消毒供应中心、健康管理中心、住院管理中心、信息科10个辅助科室。